会社を辞めた時、退職金から市民税が引かれたのにあらためて市民税の通知がきたのですが、これは間違いではないでしょうか。

差し引かれた市民税は退職金に対するもので、退職金が支払われる際に差し引かれ、会社を通じて納入されます。それとは別に、退職された際に今年度の市民税のお支払いがまだ残っている場合は、別途会社で一括徴収されていない限りご本人に納めていただくようになります。